2019年8月6日。東京都。 18歳の誕生日を迎えた野一色頼は、 幼なじみで親友である原之園准、五十嵐遼と誕生日パーティをすることになる。 街中を歩いていた三人。 降り始める雨。 三人は、謎めいた人物・小早川幾実と出会う。 それは、運命の出会いだった。

8月21日。石川県。 高校最後の夏休み。 千影円香は”あること”で思い悩んでいた。恋人のような関係である束田唯にも打ち明けられずにいる円香。ある時、円香は見知らぬ少年と出会う。

8月27日。東京都。 高校３年生の森雄吾は監禁されていた。 目的は金か、命か。 この状況を楽しんでいる犯人の青年。 青年は雄吾に「ゲームをしよう」と持ち掛ける。

8月6日。東京都。 青少年特別育成プログラム、通称『プロジェクトＦ』の施設に来た野一色晶。次期教官候補として採用された晶は、先輩である守野純と施設を見学する。穏やかな日々にやがて差す影。 晶は滅びゆく世界の片鱗を見る。

8月19日。石川県。束田唯は、雨の中で小早川綜真と出会う。家出をしてきたのだろうか？いぶかしむ唯。初対面であるはずなのに、唯のことを知っている綜真。やがて綜真は、唯にある『告白』をする。

8月28日。東京都。小早川幾実と別れた帰り道、野一色頼は二階堂優に拉致される。優に暴行される頼。助けは来ない。優は頼に「原之園准」と「五十嵐遼」のどちらかを選べと脅迫するが……。

8月21日。石川県。逃げ出した唯、綜真、紀彦。三人を追ってくる男たち。混乱する唯。唯を守ろうとする綜真。流れる血。プロジェクトＦ、カルディア、エンケパロス――綜真は唯に決意を語る。

父、母、二人の兄弟。隣人である少女は、うつくしい家族を想う。兄と弟。母と息子。女と男。希望と絶望。交わることのない、絶望の世界に生きる少女の物語。

2019年8月22日。東京都。守野と晶に助けられた綜真と唯は東京に向かう。一方その頃、優は猛と接触していた。"一匹の蝶の羽ばたきが運命を変えることもある。"夢を語る少年たちは友情を結ぶ。

8月29日。東京都。頼が大怪我したと聞き駆けつける遼と准。「ちゃんと守ってやらないと」幾実の言葉が突き刺さる。秘密、嘘、策略、壊れていく三人の友情。そして、一人が姿を消した。

8月30日。プロジェクトF東京本部。これから起こる惨劇を止めるために兄と母を訪ねる綜真。何も知らずに集められた少年たち。明かされる秘密。呪われた蝶の名。惨劇が始まろうとしていた。